Análisis molecular rápido para la detección del patógeno fúngico causante de la R4T en bananas

Agdia, Inc. ha anunciado la comercialización de un análisis rápido basado en ADN en su plataforma AmplifyRP® XRT, destinado a la detección e identificación de Fusarium odoratissimum raza tropical 4, anteriormente conocido como Fusarium oxysporum forma specialis cubense raza tropical 4.

El nuevo análisis se basa en la amplificación por recombinasa-polimerasa. Esta tecnología permite una rápida amplificación y detección de objetivos de ácido nucleico, ADN o ARN, y al mismo tiempo mantener una temperatura de 39-42 ºC.  Los productos AmplifyRP® XR logran una sensibilidad y especificidad objetivo comparable a la reacción en cadena de la polimerasa, además de mostrar claras ventajas sobre la tecnología de laboratorio. Los productos AmplifyRP® XRT no requieren una fase de purificación del ácido nucleico; los extractos crudos para la muestra se preparan utilizando un simple tampón de extracción y se analizan directamente. Esto hace que el proceso de análisis sea sencillo y ahorre al usuario final un tiempo valioso. Además, así se facilita la utilización de esta tecnología en ubicaciones remotas con recursos limitados.

Si se suma al fluorómetro isotérmico AmpliFire® de Agdia, el sistema XRT es una herramienta rápida y de fácil uso que se se puede utilizar en el campo o en el laboratorio por parte de personal con una experiencia limitada en diagnóstico molecular.

Para hacer el análisis, el usuario primero extrae la muestra con una bolsa de extracción de malla y un tampón. Una vez extraída la muestra, se añade un pequeño volumen de esta a una solución que se usa para rehidratar un pellet catalítico liofilizado. Una vez el pellet ha sido rehidratado, se coloca en un fluorómetro portátil y se calienta a 42 ºC durante 20 minutos. En ese tiempo, el ADN objetivo, si está presente, se amplificará y producirá una señal fluorescente que es detectada por el fluorómetro en tiempo real y se visualiza como una curva de amplificación. Además, sobre la base de los parámetros específicos de este análisis, el usuario final verá una indicación (+) o (-) en el fluorómetro que elimina el error de interpretación.

Agdia indica que su análisis es específico para F. odoratissimum R4T y que se ha probado frente una colección diversa de aislados confirmados de varios grupos de compatibilidad vegetativa, mostrando una precisión del 100% en la detección de verdaderos positivos. Además, no ha mostrado reactividad cruzada con las razas 1, 2, 3 o raza 4 subtropical (STR4). El panel de especificidad también incluía varias especies de Fusarium no asociadas con la marchitez vascular ni con patógenos transmitidos por el suelo, como Rhizoctonia, Phytophthora y Pythium. Según Agdia, su nuevo análisis es tan sensible como el qPCR y muestra una mayor sensibilidad que el convencional PCR frente al que se ha comprobado. Este análisis contiene un control interno y ha sido desarrollado para el uso con cultivos de raíces, rizomas, tallos, tejido foliar o fúngico.